lunes, 10 de marzo de 2014

taller de bioinformatica

TALLER DE REPASO


    1.        Señale por lo menos dos cosas a las que se dedica la bioinformática.
ü  Estudia la genética molecular estructuras biológicas
ü  generalización de datos biológicos
ü  aplica a las matemáticas estadísticas etc.

    2.        Cuáles son los azúcares con los que se estructuran el ADN y el ARN.
ü  ADN: desoxirribosa
ü  ARN: ribosa

    3.        Defina el término nucleótido y explique qué lo conforma.
ü  El nucleótido son moléculas que están conformada por una azúcar una base “Adenina, Timina,Citocina,Guanina” y un fosfato el conjunto de esto nucleótidos construye el ADN

    4.        Defina el ADN y relacione todos sus conocimientos al respecto de éste.
ü  El ADN es desoxirribonucleico que es toda la información genética de un ser viviente y es un polinucleótidos que esta echo de muchos nucleótidos. También decimos que nuestro ADN pesa 3 Gbases pero tenemos 2 bit por cada base, esto se duplica y tenemos 6 Gbit.
ü  Esta dentro del núcleo de las células (eucarísticas)
ü  Cada célula tiene una copia de ADN
ü  Tiene una estructura de doble hélice

    5.        Qué es el ARN y cuáles son sus principales características.
El ARN o llamado ácido ribonucleico es un polinucleotido y  es la copia que hacemos de un gen del ADN para trabajar sobre ello está conformada también por una azúcar una base “Adenina, Uracilo, Citosina, Guanina” y un fosfato o azufre,  a diferencia del ADN  es que no tiene timina si no Uracilo en una de las bases, también trabaja sobre una sola hélice ya que es la copia de a copia original y su azúcar también cambia y es llamada ribosa.

    6.        Para qué sirven los genes y cuántos hay aproximadamente.
ü  Genes: Secuencia larga (3Gb) en el genoma humano cada gen codifica las proteínas que dan nuestras características físicas o fenotipo.
ü  Los genes están dentro de los cromosomas.
ü  En nuestro cuerpo hay aproximadamente 23.000 características.


    7.        Qué compone el genoma.
ü  Conjunto de todos los genes que conforman unos caracteres

    8.        Dónde se llevan a cabo los procesos de transcripción y traducción respectivamente.
ü  El proceso de transcripción se lleva a cabo en el núcleo y la traducción en citoplasma.

    9.        Qué es una secuencia y dé un ejemplo.
ü  Es un conjunto de caracteres que conforman ADN , ARN o proteínas en su estructura primaria
ü  ADN:  atcgggatcaa                         ARN: agucccuugaacuug

 10.        Qué es la bioinformática y para qué sirve.
ü  La Bioinformática es el uso de técnicas computacionales, matemáticas y estadísticas para el análisis, interpretación y generación de datos biológicos.
ü  Almacenamos información y hacemos minoría de datos a la información genética

 11.        Dibuje el dogma central de la genética molecular y explíquelo de manera general.


  
  

 12.        Mencione y explique las 4 clases de genética.
ü  Genética clásica
ü  Genética cuantitativa
ü  Genética evolutiva
ü  Genética molecular


 13.        Explique el proceso de transcripción de información genética (no olvide explicar los 5 pasos que éste incluye).
Ø  La transcripción consiste en convertir la información contenida en el ADN en un formato “legible” para la maquinaria celular de síntesis de proteínas, el ARN.
ü  Pre-inicialización: encargada de buscar el agente la caja TATA e iniciar el proceso de un pre-inicialización.
ü  Inicialización: se trabaja sobre la copia del complemento abriendo el proceso completa el complemento escogido
ü  Disgregación: quita el promotor de la hélice para que inicie la nueva hélice pero no trabaja con TATA indica pero no va.
ü   Elongación: hacer la copia después de haber disgregado el promotor
ü  Finalización: se obtiene la copia de la hélice original y la timina cambia por uracilo
 14.        Que son y cuántos aminoácidos existen.
ü  Son 20 aminoácidos y Un aminoácido es una molécula orgánica con un grupo amino (-NH2) y un grupo carboxilo (-COOH). Los aminoácidos más frecuentes y de mayor interés son aquellos que forman parte de las proteínas.

 15.        Explique el proceso de traducción genética.
ü  La traducción es el mecanismo por el que el mensaje que lleva el ARN se utiliza para sintetizar proteínas. Y hace una construcción de secuencias codones de aminoácidos con información proporcionada por la molécula de ARN
ü  Encontrar el codón de inicio AUG

 16.        Relacione las principales diferencias entre el ADN y el ARN.

ADN
ARN
Trabaja con doble hélice
Trabaja con una hélice
Tiene una base llamada timina
Tiene una base llamada uracilo
Su azúcar se conoce como desoxirribosa
Su azúcar se conoce como ribosa
Su estructura Es la original
Se trabaja sobre la copia de la copia original




 17.        Explique qué es el código genético y para qué se utiliza.
Es una tabla que existe en nuestro cuerpo, en una célula precisamente en el citoplasma para traducir el ARN en PROTEINA
Sus propiedades son:
ü  Universal: se aplica a todo lo viviente
ü  Específico: siempre da el mismo resultado
ü  Degenerado: no se puede devolver de una proteína a un ARN porque una proteína puede tener muchos codones

 18.        Mencione los 4 tipos de estructura de las proteínas y de un ejemplo de cada una.
ü  Primaria: secuencias de aminoácidos
ü  Secundaria: La estructura secundaria es la disposición de la secuencia de aminoácidos en el espacio (hélice, hojas, ADN, ARN)
ü  Terciaria: estructura que uno las dos estructuras primaria y secundaria La estructura terciaria informa sobre la disposición de la estructura secundaria de un poli péptido al plegarse sobre sí misma originando una conformación globular.
ü  Cuarternaría: todas las proteínas se unen y forma una macromolécula

 19.        Dada la siguiente secuencia complementaria de ADN, relacione:
            “ATTACGATCTGCACAAGATCCT”
             19.1.        Secuencia original de ADN.
TAATGCTAGACGTGTTCTAGGA
             19.2.        Secuencia de ARN (la secuencia el codón de inicio).
UAAUGCUAGACGUGUUCUAGGA
     inicia
             19.3.        Secuencia de Proteína en código de 1 letra .
                 20.        AUG     CUA    GAC         GUG     UUC     UAG    
Met        lev       ac. Asp    val         phe     terminación



 21.        Describa el trabajo que realiza ARN-Polimerasa.

La ARN polimerasa abre la parte del ADN a ser transcripta. Solo una de las hebras del ADN (la hebra codificante) se transcribe. Los nucleótidos de ARN se encuentran disponibles en la región de la cromatina (este proceso solo ocurre en la interface) y se unen en un proceso de síntesis similar al del ADN.

codigo genetico

Código Genético



El código genético es el conjunto de reglas que define la traducción de una secuencia de nucleótidos en el ARN a una secuencia de aminoácidos en una proteína en todos los seres vivos. El código define la relación entre secuencias de tres nucleótidos, llamadas codones, y aminoácidos. De ese modo, cada codón se corresponde con un aminoácido específico.


En efecto, los 20 aminoácidos están representados en el código genético por la agrupación de tres letras (triplete) de las cuatro existentes.
Si uno considera las posibilidades de arreglo de cuatro letras agrupadas de a tres (43) resulta que tenemos 64 posibilidades de palabras a codificar, o 64 posibles codones (secuencia de tres bases en el ARNm que codifica para un aminoácido específico o una secuencia de control).


Características

  •  Universal: se aplica a todo lo viviente
  •  Específico: siempre da el mismo resultado
  • Degenerado: no se puede devolver de una proteína a un ARN porque una proteína puede tener muchos codones 

PROTEÍNA


Las proteínas son biomoléculas formadas por cadenas lineales de aminoácidos.
Las proteínas desempeñan un papel fundamental para la vida y son las biomoléculas más versátiles y más diversas. Son imprescindibles para el crecimiento del organismo.


su estructura es:

  • Estructura Primaria: La estructura primaria es la secuencia de AA de la proteína. Nos indica qué AAS componen la cadena polipeptídica y el orden en que dichos AAS. se encuentran. La función de una proteína depende de su secuencia y de la forma que ésta adopte.
  •  Estructura Secundaria: La estructura secundaria es la disposición de la secuencia de aminoácidos en el espacio. Los AAS, a medida que van siendo enlazados durante la síntesis de proteínas y gracias a la capacidad de giro de sus enlaces, adquieren una disposición espacial estable, la estructura secundaria.

Existen dos tipos de estructura secundaria:
  •  la a(alfa)-hélice
  •  la conformación beta (hoja)

  •  Estructura Terciaria: La estructura terciaria informa sobre la disposición de la estructura secundaria de un polipéptido al plegarse sobre sí misma originando una conformación globular.
  • Estructura Cuaternaria: Esta estructura informa de la unión, de varias cadenas de todas sus helices y estructuras formando una gran molecula llamada macromolecula 




Clasificación
Las proteínas poseen veinte aminoácidos, los cuales se clasifican en:

Glicina, alamina, valina, leucina, isoleucina, fenil, alanina, triptófano, serina, treonina, tirosina, prolina, hidroxiprolina, metionina, cisteína, cistina, lisina, arginina, histidina, ácido aspártico y ácido glutámico.







todo sobre bioinformatica

BIENVENIDOS A LA BIOINFORMÁTICA


buen día, amigos he creado este blog para dar a conocer algo sobre este tema que para mucha personas pueda  que sea algo mamón pero para personas que quieren sumergirse dentro del mundo bionformatico conozcan mas sobre esta evolución principalmente para los ing de sistemas espero poder ayudarlos en lo que mas pueda!!

"La bioinformática consiste en analizar, comprender y  predecir procesos biológicos con la ayuda de herramientas computacionales. Otros autores han preferido definirla como la ciencia en la que uno usa datos en su mayoría erróneos para hacer predicciones –posiblemente falsas- sobre una realidad  de la que apenas se conoce nada". Autor.



bueno como ya sabemos la bioinformatica a través del tiempo vamos descubriendo cosas nuevas 


  • 1958 Primera secuencia de proteína
  • 1975 Primera secuencia de ADN
  • 1986 Desarrollo PCR (Polímeros)
  • Inicio de la era Genómica.

La bioinformática estudia la Minería de Datos de:

  • ADN (Ácido Desoxirribonucleico)
  • Proteínas
  • Genómicas
  • Mutación /Polimorfismo







Traducción y Transcripción Genética

Traducción y Transcripción Genética


Transcripción es el proceso de fabricación ARN usando el ADN como molde.

Traducción es la construcción de una secuencia de aminoácidos (poli péptido) con la información proporcionada por la molécula de ARN.

El esquema de este "dogma" ha sido encontrada repetidamente y se considera una regla general (salvo en los retrovirus). como lo son VIH o HERPES


  •  El Ácido Ribonucleico mensajero (ARNm) es el molde para la construcción de la proteína.
  • El Ácido Ribonucleico ribosómico (ARNr) se encuentra en el sitio donde se construye la proteína: el ribosoma.
  • El Ácido Ribonucleico de transferencia (ARNt) es el transportador que coloca el aminoácido apropiado en el sitio correspondiente.

El ARN tiene el azúcar ribosa en vez de desoxirribosa. La base uracilo (U) reemplaza a la timina (T) en el ARN. El ARN tiene una sola hebra.


TRANSCRIPCION: HACIENDO UNA COPIA DEL ARNm DE LA SECUENCIA DEL ADN

La ARN polimerasa abre la parte del ADN a ser transcripta. Solo una de las hebras del ADN (la hebra codificante) se transcribe.



El ARN está en el núcleo y se hace la transcripción dentro del núcleo, luego el ARNm sale al citoplasma y codifica la informacion 

Encontramos cinco (5) pasos en el proceso de transcripción estos son:
  1.  Pre iniciación: Llega nuestro ARN polimerasa busca el código donde empieza el archivo de inicio el cual se llama promotor o secuencia de iniciación. Ahí empieza un gen.
  2.  Iniciación: Aleja dos hélices rompiendo los enlaces solo donde ve el archivo promotor.
  3. Disgregación: Se destruye secuencia de iniciación.
  4. Elongación: Empieza a hacer la copia. Empieza a hacer los enlaces (molde-molde-original). En el ARN en vez de T hay U. Hace una copia sencilla (Hebra sencilla).
  5. Finalización: Secuencia terminadora, para de copiar porque encuentra el código terminador. Se hace un gen a la vez. El ARN se vuelve compacto y vuelve a empezar.

Aqui les dejo un video el cual le explica todo esto de forma muchos mas fácil 






EL ADN



definición sobre el ADN 


Ácido Desoxirribonucleico Contiene la información genética. 
Es una molécula  (conjunto de átomos con estructura tridimensional). 
Se puede afirmar que el ADN es un poli nucleótido el cual es una cadena de moléculas pequeñas.
Bioinformática.
se conoce por su doble hélice, su azucar es llamada desoxirribosa.

 Nucleótido: Compuesto (Azúcar, base, fosfato).
  •  Azúcar: cumple la función de estructura, es como la columna vertebral (siempre igual).
  •  Fosfato: Cumple la función de enlace (se mantiene siempre igual).
  •  Base: Da estabilidad a la molécula. Esta cambia encontramos cuatro tipos de base   
  • Adenina 
  •  Timina
  •  Citosina 
  •  Guanina


regla básica es ahí donde se habla de Bases Complementarias estos son:
  • A<- ->T (Solo se enlaza A con T y viceversa)
  • G<- ->C (Solo se enlaza G con C y viceversa)

Hebra: Es la doble hélice o doble cadena.

El ADN tiene mecanismos de Reparación y Recuperación, por esto debemos saber que él tiene tres niveles de Estructura que son:

  1. Estructura Primaria: Secuencia de nucleótidos es decir (ATCG)
  2. Estructura Secundaria: Doble hélice, estructura tridimensional.
  3. Estructura Terciaria: Se compacta, como madeja y forma nucleosomas y cromosomas. Esto se compacta por protección.



ahora definimos secuencia decimos que  es un conjunto de caracteres que conforman ADN , ARN o proteínas en su estructura primaria 
  •       ADN:  atcgggatcaa       
  •     ARN: agucccuugaacuug